Η Ιατρική Υπηρεσία του Γ.Ν. Τρικάλων αποτελεί Διεύθυνση και διαρθρώνεται σε Τομείς, στους οποίους λειτουργούν Τμήματα κατά ειδικότητα, Μονάδες, Ιατρικές Ειδικότητες Ειδικές Μονάδες, καθώς και Διατομεακά Τμήματα και λοιπά Τμήματα, ως εξής:

Α. ΤΟΜΕΙΣ

ΠΑΘΟΛΟΓΙΚΟΣ ΤΟΜΕΑΣ

Δυναμικότητα 169 κλινών

 ΧΕΙΡΟΥΡΓΙΚΟΣ ΤΟΜΕΑΣ

Δυναμικότητα 121 κλινών

 ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΑΚΟΣ ΤΟΜΕΑΣ

 ΤΟΜΕΑΣ ΨΥΧΙΚΗΣ ΥΓΕΙΑΣ

 Δυναμικότητα 10 κλινών

Β. ΔΙΑΤΟΜΕΑΚΑ ΤΜΗΜΑΤΑ

• Βραχείας Νοσηλείας
• Επειγόντων Περιστατικών

Γ. ΛΟΙΠΑ ΤΜΗΜΑΤΑ

• Τμήμα Παραϊατρικού Προσωπικού
• Τμήμα Κοινωνικής Εργασίας
• Τμήμα Διαιτολογίας − Διατροφής